| 양문교회 | 충북 청주시 서원구 | — | 충청북도 청주시 서원구 수곡로 29-1 | — | |
| 양백교회 | 충북 진천군 | — | 충청북도 진천군 백곡면 배티로 471-15 | — | |
| 양산교회 | 충북 영동군 | 예장통합 | 충청북도 영동군 양산면 가곡5길 6-20 | 이형덕 목사 | |
| 양산제일교회 | 충북 영동군 | — | 충청북도 영동군 양산면 가곡7길 30 | — | |
| 양의문교회 | 충북 충주시 | — | 충청북도 충주시 도장관주로 71-1 | — | |
| 양정교회 | 충북 영동군 | 예장고신 | 충청북도 영동군 양강면 양정죽촌로 146 | 정상종 목사 | |
| 양주교회 | 충북 영동군 | — | 충청북도 영동군 상촌면 양주길 46 | — | |
| 양지교회 | 충북 충주시 | — | 충청북도 충주시 금릉로 83 | — | |
| 양청교회 | 충북 청주시 청원구 | 기장 | 충청북도 청주시 청원구 오창읍 양청1길 109 | 조남형 목사 | |
| 양촌교회 | 충북 충주시 | 기장 | 충청북도 충주시 소태면 다래월1길 27 | — | |
| 양촌그리스도의교회 | 충북 청주시 서원구 | 그리스도의교회 | 충청북도 청주시 서원구 남이면 양촌1길 21-16 | — | |
| 양화감리교회 | 충북 제천시 | 기감 | 충청북도 제천시 금성면 양월로 38-1 | — | |
| 양화교회 | 충북 제천시 | 기감 | 충청북도 제천시 금성면 양월로 38-1 | — | |
| 어부동교회 | 충북 보은군 | 예장통합 | 충청북도 보은군 회남면 연꽃마을길 18-11 | 류길현 목사 | |
| 어상천교회 | 충북 단양군 | 기감 | 충청북도 단양군 어상천면 임현5길 10 | 조용학 목사 | |
| 어울림교회 | 충북 청주시 청원구 | 기감 | 충청북도 청주시 청원구 오창읍 구룡5길 26-2 | 김준호 목사 | |
| 어울림교회 | 충북 옥천군 | — | 충청북도 옥천군 옥천읍 삼양로 38-2 2층 | — | |
| 어울림용이교회 | 충북 청주시 청원구 | 기장 | 충청북도 청주시 청원구 오창읍 중심상업로 51-6 | 김화수 목사 | |
| 언덕교회 | 충북 제천시 | — | 충청북도 제천시 청전대로16길 7 | — | |
| 언덕위교회 | 충북 청주시 서원구 | 기성 | 충청북도 청주시 서원구 예체로1번길 25 3층 | 노장식 목사 | |
| 엄정교회 | 충북 충주시 | 기감 | 충청북도 충주시 엄정면 동막강현길 259 | 유인균 목사 | |
| 엄정교회 | 충북 충주시 | 예장통합 | 충청북도 충주시 엄정면 토끼미2길 33 | 손은기 목사 | |
| 에덴감리교회 | 충북 충주시 | 기감 | 충청북도 충주시 쇠저울1길 30 | — | |
| 에덴교회 | 충북 청주시 서원구 | — | 충청북도 청주시 서원구 매봉로29번길 29 | — | |
| 에덴교회 | 충북 청주시 서원구 | — | 충청북도 청주시 서원구 창직로 43-1 | — | |
| 에덴교회 | 충북 청주시 청원구 | — | 충청북도 청주시 청원구 율천북로13번길 14-1 | — | |
| 에덴교회 | 충북 음성군 | 예장통합 | 충청북도 음성군 금왕읍 탑골3길 5 (무극리) | 서황석 목사 | |
| 에덴교회 | 충북 보은군 | — | 충청북도 보은군 내북면 이원곰골2길 15 | — | |
| 에덴교회 | 충북 괴산군 | — | 충청북도 괴산군 괴산읍 읍내로4길 29 | — | |
| 에덴교회 | 충북 충주시 | 기감 | 충청북도 충주시 쇠저울1길 30 (금릉동) | 조아진 목사 | |
| 에바다교회 | 충북 청주시 서원구 | — | 충청북도 청주시 서원구 충렬로 46 | — | |
| 에바다교회 | 충북 제천시 | — | 충청북도 제천시 송학면 선돌로 24 | — | |
| 에벤에셀교회 | 충북 청주시 상당구 | — | 충청북도 청주시 상당구 상당로 24 | — | |
| 에벤에셀교회 | 충북 충주시 | — | 충청북도 충주시 동촌3길 8 | — | |
| 엘림 | 충북 청주시 상당구 | — | 충청북도 청주시 상당구 원봉로 68-8 | — | |
| 엘림감리교회 | 충북 청주시 청원구 | 기감 | 충청북도 청주시 청원구 내수읍 도원세교로 16-3 | 이성훈 목사 | |
| 엘림교회 | 충북 청주시 청원구 | — | 충청북도 청주시 청원구 오창읍 빛화산길 18-6 | — | |
| 엘림교회 | 충북 청주시 상당구 | 예장통합 | 충청북도 청주시 상당구 미원면 미원초정로 346-12 | 김운학 목사 | |
| 엘림교회 | 충북 진천군 | — | 충청북도 진천군 덕산읍 시가로 39 4층 | — | |
| 엘림교회 | 충북 청주시 상당구 | — | 충청북도 청주시 상당구 낙영로4번길 16 | — | |
| 엘림교회 | 충북 음성군 | — | 충청북도 음성군 감곡면 장감로 130-1 | — | |
| 엘림교회 | 충북 제천시 | — | 충청북도 제천시 명륜로 82-1 | — | |
| 엘림교회 | 충북 청주시 청원구 | 기감 | 충청북도 청주시 청원구 내수읍 도원세교로 16-3 2층 | 이성훈 목사 | |
| 엘림만나교회 | 충북 제천시 | — | 충청북도 제천시 풍양로7길 21 | — | |
| 엘벧엘교회 | 충북 청주시 상당구 | — | 충청북도 청주시 상당구 꽃산동로8번길 46 | — | |
| 엠마오교회 | 충북 제천시 | — | 충청북도 제천시 내제로 277 | — | |
| 여명교회 | 충북 청주시 서원구 | — | 충청북도 청주시 서원구 호국로123번길 4 | — | |
| 여의도순복음청주교회 | 충북 청주시 상당구 | 순복음 | 충청북도 청주시 상당구 꽃산서로 26-1 | — | |
| 여천교회 | 충북 단양군 | — | 충청북도 단양군 가곡면 여천2길 13 | — | |
| 여천리감리교회 | 충북 단양군 | 기감 | 충청북도 단양군 가곡면 여천2길 32 | — | |