| 아름교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 달빛1로 311 (아름동) 2층 | 최성수 목사 | |
| 아름다운교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 절재로 194 | — | |
| 아름다운교회 | 세종 | 예장통합 | 세종특별자치시 조치원읍 군청로 114 | 김동은 목사 | |
| 아이들교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 금남면 진동길 74 | — | |
| 양무리교회 | 세종 | 예장고신 | 세종특별자치시 나리로 38, 705-2003(첫마을7단지) | 조병호 목사 | |
| 양문교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 연동면 효자길 71 | — | |
| 양지사랑의교회 | 세종 | 예장통합 | 세종특별자치시 보듬8로 33 양지빌딩 2층 | 김도현 목사 | |
| 양화교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 조치원읍 이화2로 7 | — | |
| 어디서나교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 마음로 78 (고운동, 세종 스마트큐브Ⅱ) 403호 | 김성욱 목사 | |
| 어방교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 금남면 주곡길 7-5 | — | |
| 어울림교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 한누리대로 2236 | — | |
| 언제나교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 고운서길 20 | — | |
| 에덴교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 연서면 연서로 130-1 | — | |
| 엘림교회 비전홀 | 세종 | — | 세종특별자치시 호려울로 9 | — | |
| 연동성결교회 | 세종 | 성결교 | 세종특별자치시 연동면 노송웅골길 19-6 | — | |
| 연서감리교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 연서면 와룡로 254-21 | — | |
| 연서교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 연서면 와룡로 254-21 | 노성현 목사 | |
| 열방실로암교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 달빛로 216 | — | |
| 영당교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 전의면 의당전의로 711 | — | |
| 영락교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 조치원읍 산책길 147 | — | |
| 예닮교회 | 세종 | 복음교회 | 세종특별자치시 마음로 152, 1105-301 | 왕경호 목사 | |
| 예닮중앙교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 남세종로 384 | — | |
| 예본교회 | 세종 | 복음교회 | 세종특별자치시 반곡로15, 301-1402 | 신정혜 목사 | |
| 예수교대한하나님의성회진리와사랑의교회 | 세종 | 순복음 | 세종특별자치시 만남로8길 24-5 | — | |
| 예수그리스도 후기성도교회 세종와드 | 세종 | — | 세종특별자치시 절재로 194 | — | |
| 예수길 교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 조치원읍 섭골길 59 | — | |
| 예수본향교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 연동면 태산로 60 | — | |
| 예수비전교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 다정중앙로 40 | — | |
| 예수생명교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 한누리대로 2270 (대평동, 스타뷰타워) 413호 | 임재모 목사 | |
| 예인감리교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 소담1로 12 | — | |
| 예인교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 소담1로 12 (소담동, 지엘플렉스1) 504호 | 김광복 목사 | |
| 예함교회 | 세종 | 예장통합 | 세종특별자치시 마음로 70 에셀프라자 5층507호 | 김승태 목사 | |
| 온나라교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 조치원읍 새내로 151 | — | |
| 온누리교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 조치원읍 죽림본로 26-1 | — | |
| 온누리우리교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 금남면 용포1길 19 | — | |
| 온마음교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 다솜로 7 | — | |
| 온세계교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 조치원읍 신흥샛터1길 26 | — | |
| 올림교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 도움1로 108 | — | |
| 우리명성교회 | 세종 | 예장통합 | 세종특별자치시 남세종로 358 상가 224동201호 | 김태경 목사 | |
| 운당제일교회 | 세종 | 예장통합 | 세종특별자치시 소정면 운당양촌불당골길 56 | 정양섭 목사 | |
| 원봉교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 금남면 원봉안길 39-7 | — | |
| 월산침례교회 | 세종 | 침례교 | 세종특별자치시 연기면 당산로 168-28 | — | |
| 웨이브처치 | 세종 | — | 세종특별자치시 마음로 67 | — | |
| 유천상동교회 | 세종 | 기감 | 세종특별자치시 전의면 오류골길 100-10 | 윤명철 목사 | |
| 은빛교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 마음안로 75 | — | |
| 은총교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 마음로 237 | — | |
| 은혜안에교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 보듬3로 143 | — | |
| 은혜와영광교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 남세종로 469 | — | |
| 은혜와진리교회 세종성전 | 세종 | — | 세종특별자치시 남세종로 420 | — | |
| 응암교회 | 세종 | — | 세종특별자치시 연동면 송암로 254 | — | |