| 세빛명성교회 | 서울 중랑구 | 예장통합 | 서울특별시 중랑구 상봉로 7 111호 | — | |
| 세상의소금염산교회 | 서울 마포구 | 예장통합 | 서울특별시 마포구 대흥로24바길 21 (염리동) | 김종익 위임목사 | |
| 세세로교회 | 서울 서초구 | 예장통합 | 서울특별시 서초구 남부순환로325길 9 501호 | 민용기 목사 | |
| 세움교회 | 서울 은평구 | 예장통합 | 서울특별시 은평구 갈현로 153-1 (구산동) | — | |
| 세움교회 | 서울 강서구 | 예장통합 | 서울특별시 강서구 수명로 74 8층 | 구성규 목사 | |
| 세인교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 위례성대로12길 19 2층 | 강건상 목사 | |
| 소망교회 | 서울 강북구 | 예장통합 | 서울특별시 강북구 도봉로27길 80-17 (미아동, 소망교회) | — | |
| 소망교회 | 서울 광진구 | 예장통합 | 서울특별시 광진구 면목로3길 40-9 (군자동) | 우강학 원로목사 | |
| 소망교회 | 서울 영등포구 | 예장통합 | 서울특별시 영등포구 당산로41가길 9 (당산동4가) | — | |
| 소망교회 | 서울 강남구 | 예장통합 | 서울특별시 강남구 압구정로36길 55 (신사동) | 김지철 원로목사 | |
| 소망을찾는이교회 | 서울 용산구 | 예장통합 | 서울특별시 용산구 두텁바위로1길 70 (후암동) | 김용삼 목사 | |
| 소망잇는교회 | 서울 서초구 | 예장통합 | 서울특별시 서초구 강남대로53길 8 3층 | 태원석 목사 | |
| 송정교회 | 서울 광진구 | 예장통합 | 서울특별시 광진구 군자로 80-1 송정교회 (군자동) | 박요한 목사 | |
| 송죽교회 | 서울 서대문구 | 예장통합 | 서울특별시 서대문구 송죽길 42 (홍제동) | 정의국 목사 | |
| 송천교회 | 서울 성북구 | 예장통합 | 서울특별시 성북구 숭인로 2 (길음동) | 윤여민 목사 | |
| 송파광성교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 올림픽로 203 305호 | — | |
| 송파교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 새말로6길 5 (문정동) | 김관표 목사 | |
| 송파기쁨의교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 송이로15길 33 3층 | 정용권 목사 | |
| 송파벧엘교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 오금로44가길 32 (가락동) | 김종업 목사 | |
| 송파생명빛교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 오금로 526 골든타워 4층 | 김광현 목사 | |
| 송학대교회 | 서울 동작구 | 예장통합 | 서울특별시 동작구 장승배기로20길 46-3 (노량진동) | — | |
| 수도교회 | 서울 동작구 | 예장통합 | 서울특별시 동작구 양녕로 183-7 (상도동) | 신지철 목사 | |
| 수동교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 가락로33길 3 (방이동) | 정기수 목사 | |
| 수산교회 | 서울 중랑구 | 예장통합 | 서울특별시 중랑구 중랑역로 35-1 (중화동) | 박봉근 목사 | |
| 수색교회 | 서울 은평구 | 예장통합 | 서울특별시 은평구 은평터널로1길 11 (수색동) | 민철홍 목사 | |
| 수서교회 | 서울 강남구 | 예장통합 | 서울특별시 강남구 광평로34길 10 (수서동) | 황명환 목사 | |
| 수서소망교회 | 서울 강남구 | 예장통합 | 서울특별시 강남구 광평로56길 11 단지 내 (수서동, 수서6단지아파트) | 정경희 목사 | |
| 수송교회 | 서울 서초구 | 예장통합 | 서울특별시 서초구 신반포로41길 17 (잠원동) | 고현영 목사 | |
| 수유교회 | 서울 강북구 | 예장통합 | 서울특별시 강북구 수유로 34 (수유동) | 조봉익 목사 | |
| 수유동교회 | 서울 강북구 | 예장통합 | 서울특별시 강북구 한천로170길 41 (수유동) | 이의식 목사 | |
| 수유제일교회 | 서울 종로구 | 예장통합 | 서울특별시 종로구 대학로3길 29 총회창립100주년기념관 802호 | 조인서 목사 | |
| 수정교회 | 서울 노원구 | 예장통합 | 서울특별시 노원구 공릉로59길 10 (하계동) | — | |
| 숭덕교회 | 서울 중랑구 | 예장통합 | 서울특별시 중랑구 동일로 638 3층 | 김재룡 목사 | |
| 숭실교회 | 서울 은평구 | 예장통합 | 서울특별시 은평구 은평터널로7길 6 숭실교회(숭실고등학교내) (신사동) | 김현수 목사 | |
| 숲속샘터교회 | 서울 광진구 | 예장통합 | 서울특별시 광진구 광장로5길 25 3층 | — | |
| 쉴만한교회 | 서울 노원구 | 예장통합 | 서울특별시 노원구 동일로239길 10 (상계동) | — | |
| 쉴만한물가교회 | 서울 양천구 | 예장통합 | 서울특별시 양천구 목동중앙본로5길 2 2층 | 김규식 목사 | |
| 쉴만한물가교회 | 서울 중랑구 | 예장통합 | 서울특별시 중랑구 용마산로 248 재경빌딩 501호 | 강정호 목사 | |
| 승동교회 | 서울 종로구 | 예장통합 | 서울특별시 종로구 사직로9가길 28 (필운동) | 서진석 목사 | |
| 승리명성교회 | 서울 노원구 | 예장통합 | 서울특별시 노원구 상계로12길 26-8 (상계동) | 한신국 목사 | |
| 승복교회 | 서울 송파구 | 예장통합 | 서울특별시 송파구 삼전로10길 3 (삼전동) | 김중호 목사 | |
| 시내산교회 | 서울 서초구 | 예장통합 | 서울특별시 서초구 서운로1길 30 (서초동, 시내산교회) | — | |
| 시냇가에심은교회 | 서울 광진구 | 예장통합 | 서울특별시 광진구 광나루로17길 10 (군자동) | 정현오 목사 | |
| 시냇가에심은나무교회 | 서울 종로구 | 예장통합 | 서울특별시 종로구 경희궁길 12 산채향 내 (신문로2가) | 하은규 목사 | |
| 시냇가푸른숲교회 | 서울 강서구 | 예장통합 | 서울특별시 강서구 방화대로48길 49 (방화동) | 이상익 목사 | |
| 시민들샘교회 | 서울 중랑구 | 예장통합 | 서울특별시 중랑구 공릉로2길 8-29 | 권태완 목사 | |
| 시온교회 | 서울 강동구 | 예장통합 | 서울특별시 강동구 동남로67길 42 2층 | — | |
| 시온교회 | 서울 도봉구 | 예장통합 | 서울특별시 도봉구 도봉로152가길 86 시온교회 (도봉동) | 박상연 목사 | |
| 시온선교회 | 서울 용산구 | 예장통합 | 서울특별시 용산구 원효로19길 21 2층 | 이춘영 목사 | |
| 시온성교회 | 서울 영등포구 | 예장통합 | 서울특별시 영등포구 양산로 124 (당산동1가) | 최윤철 목사 | |